Wedle tradycji miejscowej nazwa wsi wywodzi się od wilków, które w dawnych czasach upodobały sobie okoliczne lasy, obfitujące w dziką zwierzynę. Napadły one razu pewnego karawanę kupiecką, która nie zdążyła przed nadejściem nocy dotrzeć do Szczyrzyca. Wilki pożarły nieszczęśników i pozostały po nich tylko buty z cholewami. Inna legenda mówi, że przez Wilkowisko podążał do Krakowa i Poznania św. Wojciech, który dokonał tu licznych cudów oraz ochrzcił wszystkich mieszkańców. Wtedy też pogański dąb, pod którym wznoszono wcześniej pogańskie modły przycięto na kształt krzyża.

Wieś powstała w średniowieczu, najstarsze wzmianki pochodzą z 1 połowy XIV w. i dotyczą istniejącej tu od 1328 r. parafii p.w. św. Katarzyny oraz przekazania wsi rycerzowi Piotrowi Kunickiemu herbu Szreniawa. Lokacja wsi nastąpiła najprawdopodobniej w 1324 r. za Władysława Łokietka. W XVI w. wieś należała do szlacheckiego rodu Trąbów z Zakliczyna, potem przeszła na własność klasztoru cystersów ze Szczyrzyca. Od końca XV w. do 1772 r. Wilkowisko należało do powiatu szczyrzyckiego. Z początkiem XIX w., po kasacie majątków zakonnych, wieś przeszła w ręce rodziny Dzieduszyckich, potem Tetmajerów. Pod koniec XIX w. mieszkało tu ok. 800 mieszkańców, w tym kilkunastu Żydów, dziedzicem był Władysław Olszewski. W 1934 r., po reformie administracyjnej wieś przyłączono do gminy w Jodłowniku i taki stan – pomijając krótki epizod w latach 50-tych XX w. – trwa do dnia dzisiejszego.