Kościół w Wilkowisku to świątynia drewniana, wzniesiona według zasad konstrukcji zrębowej, oszalowana poziomo. Posiada jedną nawę, z trójkątnie zamkniętym prezbiterium, do którego przylega zakrystia z dawną lożą kolatorską na piętrze. Do nawy przylegają: kaplica (od południa), kruchta (od północy) oraz przedsionek kwadratowej wieży (od frontu). Siodłowy blaszany dach wieńczy wieżyczka na sygnaturkę z latarnią, zakończona baniastym hełmem. Kościelna wieża wzniesiona jest na planie kwadratu. Podzielona jest na kilka kondygnacji przez odsadzkę i zadaszenia. Dwa najwyższe piętra zdobione są niewielkimi pilasterami i fryzem arkadowym. Całość wieńczy baniasty barokowy hełm.